В кінці липня 1941 року, незважаючи на великі втрати, фашистським військам вдалося вийти на далекі підступи до Одеси. Загроза окупації, труднощі військової обстановки зажадали прийняття невідкладних заходів з евакуації матеріальної і технічної бази інституту.
За евакуаційного плану перебазування інституту почалося 27 липня 1941 року в місто Новочеркаськ. В першу чергу евакуації підлягали студенти і основний викладацький склад. Навчально-виробничі майстерні, підсобне господарство, усе майно й інвентар в будівлях інституту залишалися на місці. У зв’язку з наближенням фронту до Новочеркаська 4 жовтня 1941 року було отримано розпорядження про передислокацію Інституту в місто Саратов. Через відсутність необхідних умов для його роботи 30 жовтня було видано розпорядженням про тимчасове переведення інституту в місто Ташкент.
25 грудня 1941 року основна частина інституту прибула в Ташкент. Перед колективом постало невідкладне завдання якомога швидше відновити роботу. Вже в січні 1942 року понад 100 студентів приступили до навчальних занять. Інститут оголосив додатковий прийом студентів на всі курси. У короткий термін були переглянуті навчальні плани і робочі програми дисциплін, внесені зміни і доповнення, які відповідають новим умовам життя інституту.
В ці воєнні роки інституту було передано два невеликі млини та підсобне господарство. Це сприяло більш якісному проведенню практичних занять зі студентами та поліпшення їх матеріального становища. У 1943 році вже було 206 студентів, яких навчали 20 викладачів.
За час роботи в Ташкенті з січня 1942 року по серпень 1944 року інститут підготував і випустив 141 фахівця, повністю виконав план прийому студентів; укомплектував штат професорсько-викладацького складу; створив лабораторії за спеціальними й інженерними дисциплінами, бібліотеку з 10 тис. книг. У евакуаційний період співробітники інституту не припиняли і науково-дослідну роботу.
З великою радістю Інститут зустрів повідомлення про звільнення 10 квітня 1944 року м. Одеси військами 3-го Українського фронту. І вже 14 квітня 1944 року в Одесу з Ташкента прибула ініціативна група для організації відновлення вузу. Будівлі навчального корпусу, навчальні млини і будинок для викладачів були зруйнованими.
Долаючи всі труднощі, невеликому колективу інституту вдалося за 11 днів привести в придатний стан лабораторний корпус і гуртожиток студентів. 25 квітня 1944 року лише 32 студенти відновили заняття в Одесі, хоча основний контингент студентів і викладачів ще знаходився в Ташкенті. У травні 1944 року евакуаційний період в житті вузу закінчився, почалося його відновлення. У 45 році інститут випустив 59 інженерів. Їх випуск майже збігся з довгоочікуваним Днем Перемоги.
233 вихованці інституту, нагороджені орденами і медалями, повернулися до навчання. Колектив інституту втратив багатьох товаришів, які полягли смертю хоробрих на фронтах війни.